De Pnielkerk wordt geleid door de kerkenraad. De kerkenraad bestaat uit de predikanten, ouderlingen en diakenen. Sommigen van hen hebben een speciale taak zoals jeugdouderling of evangelisatieouderling. 

De gemeente is verdeeld in acht wijken. De wijken 1 t/m 4 worden bearbeid door ds. F.W. van der Rhee. De wijken 5 t/m 8 door ds. H.M. Mulder.